En esta etapa, el trabajo se centra básicamente en la desintoxicación y recuperación física. Tendrá inicialmente una evaluación médica con análisis clínicos para conocer el estado de salud física del paciente. Es una etapa de desimpregnación de las drogas mediante la ingesta de plantas depurativas con efectos vomitivos, baños de plantas, saunas, masajes y ejercicios físicos. Se sigue un régimen dietético especial, que también forma parte del tratamiento.

Al empezar, el residente estará entre 8 y 10 días en el módulo de acogida, donde seguirá el tratamiento de desintoxicación y recuperación física. Tomará plantas con efectos eméticos y depurativos. El contacto con los residentes que ya iniciaron el tratamiento no está permitido hasta que termine el período de acogida y desintoxicación inicial.

Se mantiene una tradición que surgió entre los residentes, que consiste en el corte total del cabello, solo al inicio del tratamiento. Este acto tiene varias simbologías: por un lado, significa limpieza, por otro lado, la entrega en confianza al tratamiento, y también una ruptura con el pasado. No se trata de un acto humillante. Para algunas personas el pelo tiene mucho significado y representa algo valioso. El corte, en estos casos, significaría hasta qué punto la persona está dispuesta a dar algo de sí misma.

El acompañamiento y seguimiento psicológico es constante en este período y tiende a afianzar las motivaciones del paciente para seguir el tratamiento, así como a brindar informaciones sobre las actividades, las terapias, las reglas, y las costumbres del tratamiento.

Esta etapa dura 2 meses aproximadamente y termina con la primera "dieta", que es un retiro en la selva durante 8 días con ingesta de plantas que favorecen el autoconocimiento, en abstinencia de sal y azúcar, una alimentación parca, condiciones especiales y el acompañamiento de un terapeuta. Las dietas posteriores serán cada dos meses aproximadamente.

También llamada etapa de limpieza psicoafectiva, consta de 4 meses de duración aproximadamente. Se inicia una vez terminada la primera dieta. El trabajo terapéutico se centra en la afloración y búsqueda de las emociones o vivencias que han sido reprimidas por la persona y que aún permanecen en su interior. Se profundiza en estas emociones o vivencias, y posteriormente en otros factores personales, familiares, sociales y espirituales que están generando la conducta adictiva sin que la persona sea consciente de ello.

A través de técnicas psicológicas en el abordaje individual y grupal, del uso tradicional de ciertas plantas medicinales con efectos psicosomáticos, y de los retiros o “dietas” que se realizan cada dos meses con ingesta de plantas que favorecen el autoconocimiento y la toma de conciencia de las emociones reprimidas, el paciente, con el acompañamiento de médicos, psicólogos, educadores y curanderos, va a tomar conciencia de los sentimientos negativos que se encuentran en su interior, y que han originado parte de su problema de vida. Esta problemática vital, que puede ser de tipo afectivo, existencial o espiritual, es la que luego se traduce en la dependencia a las drogas.

También existen otras terapias que apuntan a la curación integral y al cambio en el estilo de vida como:

• Talleres psicoeducativos, que favorecen el diálogo, la comunicación, la creatividad, el trabajo en equipo y la convivencia. Además de talleres tendientes a reforzar el funcionamiento intelectual.
• Terapia corporal, que se incluye en la educación física y la biodanza, cuyo propósito es la reconexión del individuo con su cuerpo, adormecido por la ingesta de sustancias tóxicas. La recuperación de la autoestima parte inicialmente desde la conciencia del cuerpo. Los bloqueos físicos o lesiones corporales esconden detrás sentimientos o emociones que no fluyen, por ello la importancia en Takiwasi de trabajar con el cuerpo.
• En el transcurso del tratamiento se realizan actividades recreativas, como celebración de cumpleaños, fogatas nocturnas con grupos musicales, paseos a lugares turísticos de la región, prácticas de fulbito, vóley y karate, entre otras.

En esta etapa se da una orientación individual considerando las características e intereses particulares de cada individuo. Ningún paciente es dado de alta de Takiwasi sin saber qué hará afuera. De manera individual se orientará a la realización de un proyecto de vida que apunte a un cambio en el estilo de vida. El paciente seguirá un programa de salidas para retomar el contacto familiar y laboral especialmente.

También se propone seguir, en el caso de jóvenes sin formación, un curso técnico breve y prácticas laborales. Mientras se realizan los contactos externos el paciente continúa en el Centro participando de las terapias. Cuando egrese definitivamente acudirá según un programa de citas para el Seguimiento que constituye una etapa fundamental para consolidar lo aprendido durante el internamiento. También se brinda atención psicológica a las esposas e hijos de los pacientes.

Cabe señalar que estas etapas se sobreponen entre sí (la desintoxicación física se mantiene durante todo el tratamiento, al igual que la psicoterapia) sin embargo, los procesos se acentúan en distintos objetivos de acuerdo al tiempo.

El centro está siempre en disponibilidad de acoger en internamiento por breves periodos de tiempo a los pacientes que habiendo terminado el tratamiento satisfactoriamente, soliciten participar de un proceso terapéutico de reforzamiento que incluiría: ingesta de plantas, psicoterapia y eventualmente una dieta.

No hay necesidad de esperar un desliz o una recaída para solicitar el reforzamiento. Durante el tratamiento, cada residente aprende a conocer en su cuerpo y sus emociones cuando empieza a cargarse y a discriminar situaciones que le pueden llevar a una crisis.

Para acogerse al programa de reforzamiento es preferible solicitar su participación con anticipación para poder preparar la estadía y evitar así superposición de actividades.